微生物油气勘探的地质学原理是油气藏的轻烃微渗漏原理，油气藏中的轻烃气体(C1-C5)在油气藏压力和浮力的驱动下以微泡或连续气相形式沿微裂隙垂直地向上运移，具有高速度(>100米/年)和低通量的特点。全球绝大多数油气藏都存在轻烃微渗漏现象，只有超低压油气藏和缺少轻烃的特殊稠油油藏例外。